Con il cambio di direzione del SIM da Amé e Carboni le cose peggiorarono sensibilmente. Amé professionista serio era un ottimi rapporti con l’ammiraglio Canaris a capo dell’Abhwer – i servizi segreti militari tedeschi – ma anche fiero opponente di Hitler a tal punto da finire giustiziato negli ultimi giorni di guerra. Fu proprio Canaris il 2 agosto del 1943 a Venezia, ad avvertire Amé dei pericolo di un colpo di mano tedesco in Italia essendo già noti a Hitler i tentativi in corso di armistiziono separato degli italiani con gli Alleati. Pochi giorni dopo Amé fu sostituito a causa dei pessimi rapporti che intercorrevano con Badoglio, a capo del SIM e il 19 agosto fu nominato come Commissario temporaneo del SIM il generale Carboni.
Il SIM fu sostanzialmente tagliato fuori dalla vicenda delle segrete trattative con gli alleati e mai svolse ruoli significativi. Basti pensare, ad esempio, alla rinuncia di Castellano di usare la radio trasmittente del SIM collocata nell’ambasciata italiana di Lisbona per comunicare con Roma, costringendo il Governo italiano a un buio informativo di parechci giorni sull’andamento delle trattative in corso nella capitale lusitana. Tale scelta perché si temeva che nel SIM si potessero annidare elementi filotedeschi pronti a fare saltare gli accordi in corso.
In definitiva, il SIM rimase fuori dai momenti decisivi dell’8 settembre per una precisa scelta e per la scarsa fiducia che Carboni stesso riponeva sui suoi uomini.